城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多、拉斐尔、多纳泰罗和米开朗基罗与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔、韦恩·芬威克，及面具义警凯西·琼斯并肩作战打击恶徒。在史莱德逃脱拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时，他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗，神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。

奥利弗带上自己最爱的女人费莉希蒂，离开星城这个是非之地，去过安静祥和的小日子。可他们离开之后的星城，却迎来了史上最难对付的“幽灵”组织。这个犯罪组织的成员训练精良且武器装备齐全。最可怕的是他们的头目达米安·达克拥有超自然的“神力”，他力大无比，甚至可以隔空取人性命。“幽灵”组织在星城连续几次作案，留下继续义警事业的约翰、罗瑞尔以及西娅三人根本束手无策，完全摸不清情况，几次出师不利的他们只得邀请奥利弗回来协助他们一起消灭“幽灵”。差点向费莉希蒂求婚的奥利弗，对于突如其来的打扰表现的十分厌倦，期盼已久并踏上正

奥利弗·奎恩现在是星城的市长，他的任务是在一个全新的舞台上保护他的城市，即使他还在为绿箭团队的解散而痛苦。约翰·迪格尔重新回到军队，妹妹西娅·奎恩去了市政府工作做了市长的幕僚长，奥利弗正着手打击警察腐败和由黑帮头目托拜厄斯·丘奇领导的新威胁。丘奇打算在自己的领导下团结星城的犯罪组织。最重要的是星城出现了一个极其黑暗的弓箭手。