在与戈鲁戈姆战斗后半年，本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下，但光太郎不答应，于是杰克将军便将其变身机能破坏。变身机能破坏的情况下，光太郎被扔往宇宙

故事发生在2017年的地球，飞鸟信（鹤野刚士 饰）的父亲飞鸟一马是一名宇航员，在一次任务之中下落不明，长大后的信继承了父亲对正义的追求，成为了地球和平联合组织的一员，在学习和训练之中展现出了过人的实力

迪迦奥特曼与正义的人类拯救地球后，人类的文明与科技走向了广阔的宇宙。新领域时代的开启加速了人类对未知世界的开拓。可是，一些新的邪恶力量也在这时向光明的世界展开了反扑。寂静的星空再度被打破，人类又一次面临危机。在月球表面的一次战斗中，超级胜利队和戴拿奥特曼一起迎击了从宇宙来的怪兽格朗达。并在TPC（地球和平联合组织）最新制造的巨大战舰普罗米修斯的支援下，超级胜利队和戴拿奥特曼击倒了格朗达。但随后出现的侵略者莫内拉星人，暗中进行着企图将全人类抹杀的可怕计划。莫内拉星人夺取了普罗米修斯，并将它改造成拥有可怕力量